L'Auvergne-Rhône-Alpes est bien desservie en TGV : Paris-Lyon en 1h57 (le record français, ligne LGV historique 1981), Paris-Annecy en 3h45, Paris-Chambéry en 3h, Paris-Grenoble en 3h, Paris-Clermont-Ferrand en 3h30. Les TER régionaux relient Lyon à Annecy (2h), Chamonix (4h), Vichy (1h35). Le TGV Lyria relie Paris-Genève via Lyon en 3h10.
La voiture est indispensable pour les stations alpines, les volcans d'Auvergne, le Beaujolais, les villages pittoresques. Location depuis 30-50 €/jour en plaine, 50-80 €/jour pour les 4x4 alpins en hiver. Autoroutes : A6 (Paris-Lyon), A7 (Lyon-Marseille), A40 (Lyon-Chamonix-tunnel du Mont-Blanc), A41 (Lyon-Annecy-Chambéry), A89 (Lyon-Clermont-Bordeaux). Compter 3h de Lyon à Chamonix, 1h30 de Lyon à Annecy, 2h30 de Lyon à Vichy, 4h30 de Lyon à Val d'Isère.
Les aéroports : Lyon-Saint-Exupéry (LYS, 4e aéroport français, 11 millions de passagers/an, vols internationaux et low-cost européens), Genève-Cointrin (GVA, partagé avec la Suisse, accès direct depuis Annecy et la Haute-Savoie), Grenoble-Isère (GNB, vols saisonniers hiver), Chambéry-Aix-les-Bains (CMF, vols saisonniers hiver low-cost), Clermont-Ferrand-Auvergne (CFE).
Dans Lyon, le réseau TCL (métro 4 lignes, tramway 7 lignes, bus, funiculaire vers Fourvière) est très efficace (1,90 € le ticket, 5,40 € le pass journée). Vélos en libre-service (Vélo'v). À Annecy, les bus Sibra suffisent (centre piéton). À Chamonix, la navette Mulet relie les stations de ski (gratuite avec forfait remontées).
Le vélo est très développé : ViaRhôna (depuis Genève jusqu'à la Méditerranée, 815 km), Cantal à Vélo (300 km de boucles), tour du lac d'Annecy (40 km balisés). En hiver, les bus skiset relient Lyon ou Genève aux principales stations (transferts environ 2h, 50-80 € A/R).
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