Zanzibar bénéficie d'un climat tropical de mousson rythmé par les alizés de l'océan Indien. Deux saisons principales se distinguent.
La grande saison sèche (juin à octobre), portée par l'alizé kusi du sud-est, est la période idéale pour un séjour balnéaire et de plongée. Le ciel est dégagé, les pluies cessent presque totalement, la mer est cristalline à 24-26 °C, la visibilité sous l'eau est maximale (jusqu'à 30 mètres aux îles Mnemba et Pemba). Les températures sont agréables (24-29 °C), l'humidité moins oppressante qu'en été austral. C'est la haute saison touristique européenne, avec un pic en juillet-août — réservez vos resorts 3-6 mois à l'avance.
La saison chaude et humide (novembre à février), portée par l'alizé kaskazi du nord-est, offre une mer plus chaude (28-29 °C) et idéale pour la baignade, mais avec une chaleur et humidité notablement plus élevées (températures 28-32 °C, humidité 80-85 %). Décembre à mi-janvier correspond au pic de la haute saison de Noël/Nouvel An, avec des tarifs maximaux. Février est intéressant pour le festival Sauti za Busara, événement majeur de musique swahilie qui transforme Stone Town pendant 4 jours en scène musicale ouverte.
Les grandes pluies (mi-mars à mai), aussi appelées Masika, sont la basse saison absolue à éviter : pluies tropicales intenses, plusieurs heures par jour, mer agitée, plongée et snorkeling souvent compromis, plusieurs resorts fermés en avril-mai pour maintenance. Tarifs en baisse de 50-70 %, mais l'expérience est dégradée.
Les petites pluies (novembre seul) sont moins handicapantes, avec des averses courtes en fin de journée et des conditions globalement praticables. Tarifs encore raisonnables avant la haute saison de Noël.
La fenêtre optimale pour un premier voyage : juin à mi-octobre, en évitant le pic d'août. Mi-septembre est probablement le meilleur compromis fréquentation/tarifs/conditions.
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