Le lagon de Mayotte se visite essentiellement entre mai et octobre, en saison sèche. Mer calme, visibilité maximale (20-30 m), ciel dégagé, vent d'alizé modéré. C'est aussi la saison des baleines à bosse (juillet à octobre) — la fenêtre d'observation principale.
Juillet-août est le pic de saison pour les baleines (mères et baleineaux nouveau-nés observables) mais aussi le pic touristique : sorties bateau complètes plusieurs semaines à l'avance, tarifs en hausse. Septembre-octobre offre encore de bonnes observations baleines avec moins de monde et tarifs plus doux. Juin est le début de la saison, première arrivée des baleines, et le mois où le lagon est le plus calme.
La saison des pluies (novembre à avril) est déconseillée pour les activités lagon : houle longue distance qui déforme le lagon et dégrade la visibilité, sorties bateau régulièrement annulées, risque cyclonique majeur (Chido en décembre 2024). Pas de baleines à bosse. En revanche, novembre à mars est la saison des pontes de tortues — observation nocturne encadrée par l'association RAEMA, expérience inoubliable.
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