El Nido s'organise presque entièrement autour de son archipel, et les tours d'île-hopping sont l'activité reine. Chacun des quatre tours officiels couvre un secteur différent de la baie de Bacuit et dure une journée complète, déjeuner pique-nique à bord inclus. Le Tour A est le plus célèbre : il commence par la Big Lagoon, un plan d'eau couleur émeraude entouré de falaises à pic accessibles en kayak, puis enchaîne avec la Small Lagoon, encore plus intimiste, dont l'entrée ne se passe qu'à la nage ou en kayak dans une ouverture dans la roche. Secret Beach, accessible par un passage étroit dans la falaise, révèle une crique de sable blanc cachée à la vue de tous. La journée se termine souvent à Shimizu Island, sur un récif corallien parfait pour le snorkeling.
Le Tour C est le préféré des plongeurs et amateurs de snorkeling. Helicopter Island doit son nom à sa forme vue du ciel, et ses eaux abritent une faune sous-marine exceptionnelle : raies, tortues marines, poissons-perroquets et bancs colorés évoluent sur des coraux en bon état. Le Secret Lagoon, plus discret que les lagons du Tour A, charme par son calme et sa végétation luxuriante. Le Tour B explore les sites les moins fréquentés du nord de la baie, tandis que le Tour D pousse vers des îles plus reculées, idéal pour les voyageurs qui souhaitent s'éloigner des groupes.
Hors des tours organisés, la plage de Nacpan mérite une journée entière. Ses 4 kilomètres de sable blanc bordés de cocotiers à perte de vue, à 45 minutes d'El Nido en moto ou en tricycle, offrent un contraste saisissant avec l'agitation de la ville. On y trouve quelques petits restaurants de plage et des hamacs sous les arbres — l'endroit parfait pour décompresser en dehors de la haute saison.
Pour les plongeurs autonomes, plusieurs clubs proposent des sorties autour de l'archipel, notamment vers les épaves et les murs coralliens de Dilumacad Island. Les kayakers expérimentés peuvent aussi explorer en liberté certains secteurs de la baie, hors des zones réservées aux tours. En soirée, le front de mer d'El Nido se transforme en promenade animée : couchers de soleil incandescents sur les îlots en silhouette, restaurants servant des plateaux de fruits de mer fraîchement pêchés, et l'ambiance douce propre aux petites villes tropicales qui ont gardé leur âme.
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