Les Tuamotu s'atteignent uniquement par avion depuis Tahiti via Air Tahiti (compagnie domestique).
Depuis Papeete (PPT), les liaisons régulières incluent : Tahiti-Rangiroa (1 h de vol, 4-7 rotations/semaine, 200-300 € A/R), Tahiti-Fakarava (1 h 30, 3-5 rotations/semaine, 250-350 € A/R), Tahiti-Tikehau (1 h, 3-5 rotations/semaine, 200-300 € A/R), Tahiti-Manihi (1 h 30, 2-4 rotations/semaine, 250-350 € A/R). Les vols sont opérés en ATR 42/72 (avions à hélices) et incluent 23 kg de bagages en soute. Les pass multi-îles Air Tahiti (Bora-Tikehau, Lagons) permettent d'économiser sur les combinés multi-atolls.
Les vols inter-atolls sont également possibles : Rangiroa-Fakarava direct (30 min, 80-120 €), Rangiroa-Tikehau (15 min, 60-90 €), avec quelques fréquences hebdomadaires seulement. Pour les atolls moins fréquentés (Mataiva, Anaa, Hao), les fréquences sont plus rares (1-2 vols/semaine) et les tarifs plus élevés.
Sur chaque atoll, les déplacements terrestres se font en scooter (25-40 €/jour), en voiture (50-80 €/jour, choix limité) ou en vélo (15-25 €/jour). Les distances sont courtes : Avatoru-Tiputa à Rangiroa fait 12 km, Rotoava-passe nord à Fakarava 5 km. La plupart des hébergements proposent des transferts depuis l'aéroport (souvent inclus).
Les déplacements marins entre les motus se font en pirogue à moteur via les excursions organisées ou les navettes des hébergements. Certains lodges situés sur des motus isolés (Pearl Beach Resort à Manihi, Hotel Maitai Rangiroa) assurent les transferts en bateau depuis l'aéroport. Pour la passe sud de Fakarava (à 60 km du village principal), des navettes journalières organisées par les clubs de plongée permettent l'aller-retour pour la journée (compter 1 h 30 de bateau).
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